第二次在野时期
在民进党进入第2次在野时期后，新上任的党主席蔡英文开始处理陈水扁弊案造成的影响，并推出小额捐款等新的开源管道；在2次江陈会期间，民进党发动抗议行动；而由于上任后的马英九政府，经历中国毒牛奶、八八水灾、H1N1疫苗、ECFA、美国牛肉进口、台湾运动员在国际体坛屡遭中共(联合他国)打压、台湾嫌犯遭菲律宾遣送至中国等议题与事件的处理无力失当，再加上于2008年立法委员选举后，诸多国民党立委因贿选而被法院宣判当选无效，因此民进党在4波的立委补选中逐渐夺回少数立法院席次；在2009年中华民国地方公职人员选举中夺回宜兰县，各县市长得票率和国民党不相上下；2010年中华民国直辖市公职人员选举中，虽未增加席次，但得票率超越国民党，2012年中华民国总统大选民进党蔡英文以609万票输给了国民党马英九的689万票，使民进党继续担任在野党。
执政时期的经济表现
世界经济论坛（WEF）公布“2004-2005年全球竞争力报告”台湾成长竞争力指数（GCI）排名从前一年的第五名晋升为第四，并在亚洲地区持续保持领先地位。WEF的年度全球竞争力报告被视为是最权威的竞争力评比与分析，台湾竞争力多年来一直名列前茅，面对欧美先进国家，此年更是提升为第四名，在WEF发布的新闻稿的标题中，开宗明义就强调台湾的成就。WEF说，在亚洲地区，台湾与排名第七的新加坡继续领先各国，台湾在科技领域排名显著，仅次于美国，而新加坡则在总体经济环境品质部分居第一。英国经济学人智库所发布的“二〇〇六至二〇一〇年全球经商环境排行榜”，台湾排名从第二十一名进步为第十九名，在亚洲国家及地区中仅次于新加坡与香港。
世界经济论坛 （WEF）公布“2006-2007 年全球竞争力报告”台湾成长竞争力指数（GCI）排名从前一年的第八名跌落至第十三名（然而也必需指出，成长竞争力指数的计算方法在2007年有大幅度改变，而几乎所有改变都是不利于台湾的，亦即是，如果这个改变早十年推行，此排名的急跌也会早十年出现），在亚洲地区也由第二退至第四，台湾在WEF的历年竞争力评比中首度跌落十名之外；在亚洲地区，台湾过去维持第二，仅落后新加坡，今年也被日本与香港超越。瑞士洛桑管理学院（IMD）2006年5月发布世界竞争力报告，台湾从第十一退步为第十八，在亚洲也是落于香港、新加坡、日本之后。
台湾的国际竞争力与投资环境排名一览。瑞士洛桑国际管理学院认定整体国家竞争力为18名。世界经济论坛认定成长竞争力与商业竞争力分别为第6名与第21名。瑞士商业环境风险评估公司认定投资环境为第6名。英国经济学人资讯中心认定未来五年经商环境2006年－2010年为第19名。
政府所推动的“两兆双星”当中，2006年半导体产值有一兆两千两百五十九亿元，LCD产值一兆八百亿元，数位内容产值三千七百亿元，生技产值一千八百二十二亿 元。台湾是十二吋晶圆厂全球密度最高的国家，TFT也是全球最大供应国。并持续扩增全台高科技园区（笃行园区、铜锣园区、龙潭通讯园区、竹科宜兰园区之增建；南部科学工业园区亦新增路竹与台南园区，中科亦获核定建设台中与云林基地）[7]。而美国BusinessWeek调查2007年全球资讯科技业一百强排名，台湾厂商有14家上榜，仅次于美国的44家，远胜日本的7家及中港的3家及韩国的1家，连续二年（2006年－2007年）为亚洲之冠。
2007年，在日本技术转移下的台湾高速铁路全面通行之后，引发另一波就业潮与购屋潮。2007年4月份间台湾股市一度突破八千点大关，成为自2001年来最表现最佳的一年；2007年6月台湾股市更一举突破九千点大关，七月中旬挑战九千五百点，《今周刊》发行人谢金河则表示，今年股市是有史以来体质最健全的一次多头[8]。民进党执政后也完成了中正机场第二航厦、高雄小港机场扩建工程、台北县汐止至五堵高架化铁路，再者如：改善大高雄饮水、基隆河员山子分洪道与汐止基隆河整治工程等也是在民进党执政时期完成。在金融方面至今已成功打消呆帐近2兆元，至2005年1月时，逾放比降到3.67%，国民党执政时期常发生的银行与农渔会挤兑现象，在民进党主政时已趋于罕见。
2006年4月21日，行政院主计处发布3月份失业率为3.87%。控制通货膨胀方面消费者物价指数由2000年100.01至2006年来到104.08（基期为2001年）。在贫富差距方面，将五等分大岛指数（所得差距倍数）由2001年开始逐年缩小，改善了1990年代不断恶化的所得分配，由6.391倍至2006年为6.006倍，而政府移转的效果由2000年首次突破1倍，并逐年提升至06年达到1.448倍，而台湾大岛指数6.0倍的表现略优于韩国的6.8倍，远优于新加坡的20.19倍，香港的26倍（香港贫富差距严重居全球第三）。而除了2001年冲击造成经济衰退外，经济成长率均优于先进国家平均表现，且这样的成长是全体所得的提升，根据主计处所作的1995年家庭收支调查，可得知所有等分的家庭除了2001年外在名目上可支配所得或实质上可支配所得皆有成长。反对者认为政府透过曲解统计数字的方式，企图营造经济建全发展的假象，但忽略台湾正在M型社会化的事实。而民进党则认为反对者的大胆西进政策是饮鸩止渴、掏空台湾，例如：陈水扁 于2008年元旦祝词中，批评民间“对中国大陆毫无节制与管理的投资”，而反对戒急用忍的林浊水则表示：陈总统大幅开放产业西进、而中共方面继续在经贸上努力打压台湾。
以统计数据来看，对经济是否满意与国家认同呈现最高度相关，而人民对经济的感受反而与台湾实际经济表现、所得分配、是否因为产业西进而受害、个人的经济状况及年龄等等比较无关[9]。
两岸关系主张
在野时期
为了积极争取中间选民的支持，民进党领导阶层自1995年开始，先后提出“大胆西进”、“大联合”、“大和解”等主张。但是民进党于2000年成为执政党后，党内对于台湾前途及国家定位问题乃至对中国大陆经贸政策，在坚持以“台湾主体性”的前提下，呈现多元论述的状态。在2008年大选再度成为在野党后，其“逢中必反”的大陆政策倍受诟病，以后逐渐开始在两岸政策上有所改变。
执政时期
- 2000年5月20日，陈水扁就职中华民国第十任总统，并兼任民进党第十任党主席，于就职典礼演说中提出“四不一没有”主张。
- 2002年8月2日，陈水扁总统在世界台湾同乡联合会—第二十九届东京年会上提出一边一国论。
- 2006年1月1日，陈水扁总统宣布紧缩两岸政策，将由“积极开放，有效管理”转变为“积极管理，有效开放”。
- 2006年1月26日，民进党主席游锡堃就职典礼时，陈水扁总统指示：民进党应进行中国政策大辩论。
- 2006年1月29日， 陈水扁总统在春节谈话中表示考虑是否要废除国统会、废除国统纲领。
- 2006年2月7日，民进党发布新闻稿“迈向正常国家 废除国统纲领”。之后原订于3月举行中国政策大辩论，由于行政院发布“积极管理”政策，引起预定参加辩论之部分人选反弹、退出辩论，辩论会因而取消。
- 2007年3月4日，陈水扁总统在台湾人公共事务会（FAPA）二十五周年庆晚宴上，提出"台湾要独立、台湾要正名、台湾要新宪、台湾要发展，没有所谓的左右路线问题，祇有独统问题"的“四要一没有”诉求。
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